日本有多少中国古籍？
我答的有点晚，题主可能已经不关心这个问题了。 就我个人了解而言，日本的汉籍收藏大概分为两个系统，一个是国立公文书馆所藏的“官文书”，另一个是各大学及研究所藏书机构所藏的“私文书”。其中以私文书部分的研究价值最高，而以官文书部分的历史价值最为重大。
先来说官文书的部分。所谓官文书，指的是明代以来官方往来之文书，这些文书一般具有很高的历史性、纪实性、史料性，比如明治时期的海关档案，有大政奉还之前天皇颁发的《御笔信札》（这个“御笔信札”可是和“圆明园章程”一起被誉为“宫廷三件宝”的哦！）等等。这种历史文献的价值在第二次世界大战前后获得了极大的认可。日本在明治维新以及大正年间开始大量采购汉籍，用于充实本国史料的馆藏。这些文献大多保存在国立公文书馆中。
再说私文书的部分。与官文书相比，这类资料的研究价值或许要高一些。所谓私文书主要指的就是近代以来学界学者们交流、著述过程中所形成的各种文本——当然，也有少量明代以来的书札在流传过程之中进入了学者的书房，但这些远不如官文书那样受到国家的关注。如果说官文书反映的是“国家情报”的话，那么私文书体现的则是“学人研究信息”。
比较著名的私文书收藏地有东京大学东洋文化研究所、京都大学人文科学研究所等。这里要特别提到的是，由于中国近代特别是民国时期学术界对日本学术界的影响非常之大，很多日本学者都非常重视对中国学者的书目记载，从而他们的图书馆中也保留了非常多的学者索引类著作，而这些图书往往非常有价值。我以梁启超、钱穆这两位著名学者的书名为例简单说明一下：
以上只是我随手翻检的几本书，其实这样的书籍还有很多。